مقایسه انواع استریپ ها

استریپ مخصوص ریل تایم پی سی آر یک نوع استریپ پلاستیکی است که برای قرار دادن نمونه های DNA یا RNA در دستگاه های Real Time PCR استفاده می شود. این استریپ ها دارای چندین حفره کوچک هستند که هر کدام می توانند حدود 0.2 میلی لیتر از نمونه را در خود جای دهند. این استریپ ها باید با درب های مناسب بسته شوند تا از تبخیر و آلودگی نمونه ها جلوگیری کنند. در انجام روش Real time pcr با توجه به برند و مدل دستگاه باید از انواع خاصی از استریپ ها استفاده کرد، اگر چه با وجود اشتراکات زیاد بین انواع تیوپ ها تفاوت هایی جزئی نیز دیده می شود. در حالی که در بسیاری از ترموسایکلرها، خوانش سیگنال از درب استریپ (cap) صورت می گیرد اما برخی دیگر از کناره های استریپ سیگنال را جذب می کنند.

موارد کلیدی

1. 1. نسبت سیگنال به نویز (Signal-to-Noise Ratio, SNR)

   یکی از معیارهای حیاتی در انتخاب استریپ‌ها، نسبت سیگنال به نویز است. این معیار به معنای قدرت سیگنال فلورسانس تولید شده توسط واکنش PCR نسبت به نویز زمینه‌ای (Background Noise) است. نسبت بالاتر سیگنال به نویز نشان‌دهنده دقت بیشتر در تشخیص مقادیر پایین تر از محصول PCR و کاهش خطای تحلیلی است.

   • مواد سازنده استریپ: نوع مواد استفاده شده در ساخت استریپ‌ها، به ویژه دیواره‌های چاهک، تأثیر زیادی بر روی SNR دارد. مواد با شفافیت بالا (مانند پلی‌پروپیلن با کیفیت بالا) باعث کاهش جذب نور و بهبود نسبت سیگنال به نویز می‌شوند.
   • طراحی دیواره‌ها: دیواره‌های نازک‌تر و یکنواخت‌تر در چاهک‌ها به کاهش نویز ناشی از پراکندگی نور کمک می‌کنند و سیگنال خالص‌تری را برای دستگاه‌های Real-Time PCR فراهم می‌آورند.
   • پوشش داخلی استریپ: برخی استریپ‌ها دارای پوشش‌های داخلی خاصی هستند که به جذب کمتر مواد و واکنشگرها به دیواره‌ها کمک می‌کند و در نتیجه نویز را کاهش داده و SNR را افزایش می‌دهد.

• استریپ سفید(White) نسبت سیگنال به نویز بالا (بهترین انتخاب): سازگار با اکثر ابزارهای Real time PCR، از جمله Exicycler 96 ،Light Cycler 480 ،Light Cycler 96

• استریپ نیمه شفاف (Frosted) نسبت سیگنال به نویز متوسط
• استریپ شفاف (Clear) نسبت سیگنال به نویز ضعیف

    2. خوانش سیگنال از دیواره استریپ:

یکی دیگر از معیارهای مهم، خوانش سیگنال از دیواره‌های استریپ است. در دستگاه‌های Real-Time PCR، سیگنال فلورسانس از محصولات PCR از طریق دیواره‌های چاهک خوانده می‌شود. این فرآیند به شدت تحت تأثیر ویژگی‌های دیواره‌ها و کیفیت نوری مواد سازنده استریپ قرار دارد.

• ضخامت و شفافیت دیواره‌ها: ضخامت دیواره‌های استریپ‌ها باید به گونه‌ای باشد که اجازه عبور حداکثری نور فلورسانس را بدهد، بدون اینکه خود دیواره باعث کاهش سیگنال شود. دیواره‌های نازک‌تر و شفاف‌تر معمولاً برای این منظور مناسب‌تر هستند.
• کیفیت سطح داخلی: کیفیت سطح داخلی چاهک‌ها نیز اهمیت دارد. سطوح صاف و بدون عیب، پراکندگی نور را کاهش می‌دهند و باعث بهبود کیفیت سیگنال خوانده شده می‌شوند. هرگونه نقص در دیواره‌ها می‌تواند باعث پراکندگی و جذب نوری شده و سیگنال نهایی را تحت تأثیر قرار دهد.
• پوشش ضد بازتاب (Anti-Reflective Coating): برخی از استریپ‌ها با پوشش‌های ضد بازتاب تولید می‌شوند که به کاهش بازتاب نور از دیواره‌های چاهک کمک می‌کند. این پوشش‌ها می‌توانند کیفیت سیگنال خوانش شده را بهبود بخشند.

در اینجا بهتر است از استریپ های شفاف با درب سفید استفاده شود چرا که جذب سیگنال را به  بالاترین حد خود می رساند اما می شود از استریپ های کاملا شفاف و نیمه شفاف هم استفاده کرد.

• استریپ شفاف با درب سفید نسبت سیگنال به نویز بالا (بهترین انتخاب)

• استریپ شفاف نسبت سیگنال به نویز بالا
• استریپ نیمه شفاف نسبت سیگنال به نویز متوسط
• استریپ سفید نسبت سیگنال به نویز ضعیف

3. همگنی دمایی (Thermal Uniformity)

همگنی دمایی چاهک‌ها در حین چرخه‌های PCR نیز از معیارهای مهم در انتخاب استریپ‌ها است. اختلافات دمایی بین چاهک‌ها یا حتی درون یک چاهک می‌تواند بر روی کارایی PCR تأثیر بگذارد و منجر به نتایج غیرقابل‌اعتماد شود.

• ضخامت یکنواخت دیواره‌ها: استریپ‌ها با دیواره‌های نازک و یکنواخت می‌توانند انتقال حرارتی بهتری داشته باشند و دمای نمونه‌ها را به طور همگن توزیع کنند. این همگنی دمایی برای دستیابی به نتایج دقیق در واکنش‌های PCR حیاتی است.
• طراحی چاهک‌ها: برخی استریپ‌ها دارای طراحی‌های خاصی هستند که به بهبود توزیع حرارت کمک می‌کند. این طراحی‌ها ممکن است شامل ویژگی‌هایی مانند ته‌مدور یا چاهک‌های با حجم کم باشند که انتقال حرارت یکنواخت‌تری را فراهم می‌کنند.

4. ظرفیت و حجم واکنش (Reaction Volume Capacity)

حجم واکنش نیز یکی دیگر از معیارهای مهم در انتخاب استریپ‌ها است. استریپ‌ها و پلیت‌ها در اندازه‌های مختلف برای حجم‌های مختلف واکنش طراحی می‌شوند. انتخاب استریپ مناسب با توجه به حجم واکنش می‌تواند بر دقت و کارایی واکنش PCR تأثیر بگذارد.

• حجم چاهک‌ها: استریپ‌های با چاهک‌های کوچک‌تر برای واکنش‌های با حجم کم مناسب‌تر هستند، در حالی که چاهک‌های بزرگ‌تر برای واکنش‌های با حجم بیشتر مناسب هستند. انتخاب حجم مناسب نه تنها به جلوگیری از تبخیر نمونه‌ها کمک می‌کند، بلکه دقت در خوانش‌ها را نیز بهبود می‌بخشد.
• میزان نگهداری نمونه‌ها: استریپ‌های طراحی‌شده برای مقادیر کم‌تر از مواد واکنش، دقت بیشتری در آزمایش‌های حساس دارند زیرا تبخیر و خطاهای ناشی از حجم‌های کم‌تر نمونه کاهش می‌یابد.

5. آزمایشگاه‌ها و کاربردهای خاص (Application-Specific Considerations)

استریپ‌های مختلف ممکن است برای کاربردهای خاصی طراحی شده باشند، و این باید در نظر گرفته شود. برای مثال:

• پوشش داخلی ضد چسبندگی: در آزمایش‌هایی که از مواد چسبنده استفاده می‌شود، استریپ‌های با پوشش ضد چسبندگی ممکن است انتخاب بهتری باشند.
• سازگاری شیمیایی: برخی استریپ‌ها ممکن است با واکنشگرهای خاصی سازگار باشند که استفاده از آنها را در آزمایش‌های خاص ضروری می‌کند.

6. نوع مستر میکس (دارای ROX و بدون ROX) مصرفی

کلام آخر:

انتخاب استریپ‌های مناسب در تکنیک Real-Time PCR مستلزم توجه به معیارهای مختلفی از جمله نسبت سیگنال به نویز، خوانش سیگنال از دیواره‌های استریپ، همگنی دمایی، حجم واکنش و سایر فاکتورهای خاص آزمایشگاهی است.

توجه به این معیارها می‌تواند به بهبود دقت و صحت نتایج PCR کمک کند و خطاهای احتمالی را به حداقل برساند. هر آزمایشگاه باید با توجه به نیازها و نوع آزمایش‌هایی که انجام می‌دهد، استریپ مناسب را انتخاب کند تا از کیفیت بالای نتایج اطمینان حاصل شود. شما میتوانید برای خرید انواع دستگاه های Real Time PCR و انواع استریپ ها با شرکت مانا تک در تماس باشید. مشاوران ما شما را راهنمایی خواهند کرد.