معرفی و تاریخچه روش Ribo-Zero

روش Ribo-Zero در سال 2011 توسط شرکت Epicentre (که بعدها توسط Illumina خریداری شد) به عنوان یک روش جدید برای حذف rRNA سیتوپلاسمیک از نمونه های RNA معرفی شد، این روش از یک روش منحصر به فرد استفاده میکرد که با استفاده از مولکول های آنتی سنس (anti-sense) به rRNA هدف، آنها را از RNA کل جدا میکرد. در سال 2012، شرکت Epicentre یک نسخه بهبود یافته از روش Ribo-Zero را با نام Ribo-Zero Gold عرضه کرد. این نسخه علاوه بر حذف rRNA سیتوپلاسمیک، قادر به حذف rRNA میتوکندری نیز بود. در سال 2019، شرکت Illumina یک نسخه جدیدتر از روش Ribo-Zero را با نام Ribo-Zero Plus راه اندازی کرد.

Ribo-Zero یک روش جدید و پیشرفته برای حذف RNA ریبوزومی (rRNA) از نمونه های RNA است. rRNA تقریبا 80 تا 90 درصد از کل RNA را تشکیل می دهد و می تواند به عنوان یک آلودگی در آنالیز های بعدی مانند توالی یابی RNA، microarray و RT-PCR مشکل ساز شود.

شرکت ایلومینا

شرکت ایلومینا یک شرکت آمریکایی است که در زمینه تکنولوژی های تحلیل ژنوم و پروتئوم فعالیت میکند. این شرکت در سال ۱۹۹۸ تاسیس شده و دفتر مرکزی آن در سان دیگو، کالیفرنیا قرار دارد. این شرکت یکی از پیشروان در زمینه تولید دستگاه ها و محصولات مربوط به توالی گیری DNA، RNA و پروتئین است.

این شرکت محصولات و خدمات متنوعی را برای دانشمندان، پزشکان، بیمارستان ها، مراکز تحقیقاتی و صنایع بیوتکنولوژی ارائه می دهد. برخی از محصولات و خدمات شرکت ایلومینا عبارتند از:

دستگاه های توالی یابی اسید نوکلئیک با تکنولوژی SBS (sequencing by synthesis) که قادر به تولید داده های با کیفیت و با دقت بالا هستند. این دستگاه ها شامل NovaSeq، NextSeq، MiSeq، MiniSeq و iSeq می شوند.
دستگاه های آرایه میکرواری که قادر به تجزیه و تحلیل ژنوم، رونوشت رمز، متیلاسیون DNA و پروفایل سلول های تک جزئی هستند. این دستگاه ها شامل iScan، BeadArray Reader و Infinium HTS می شوند.
خدمات توالی یابی اسید نوکلئیک که قادر به ارائه راه حل های کامل برای پروژه های توالی یابی کل ژنوم، توالی یابی بخش هدفمند، تجزیه و تحلیل رونوشت رمز، تجزیه و تحلیل متاژنوم، کشف RNA کوچک، پروفایل متیلاسيون DNA و غیره هستند.
خدمات آرایه ميكرواري كه قادر به ارائه راه حل های كامل برای پروژه های تجزيه و تحليل ژنوم، رونوشت رمز، متيلاسيون DNA و پروفايل سلول های تك جزئي هستند.

مزایای روش Ribo-Zero

Ribo-Zero یک روش غیر ستونی (مغناطیسی) است که با استفاده از پروب های مخصوص به rRNA، آن را از نمونه های RNA جدا و حذف می کند. این روش دارای مزایای زیر است: این روش باعث میشود که داده های شامل ترانسکریپتوم کامل از ژن های کدکننده و غیرکدکننده باشند. این امر به بررسی عملکرد و تنظیم ژن ها، شناسایی تغییرات ژنتیکی و تعاملات RNA-RNA کمک میکند.این روش برای نمونه های سالم و نیمه تخریب شده مناسب است و حداقل 1 میکروگرم RNA کل را به عنوان ورودی نیاز دارد. این امر به کاهش هزینه ها و زمان آزمایش کمک میکند.

قابل استفاده برای نمونه های RNA با کمیت و کیفیت مختلف
قابل استفاده برای نمونه های RNA از منابع مختلف مانند باکتری ها، قارچ ها، گیاهان، جانوران و انسان
قابل استفاده برای نمونه های RNA با تنوع rRNA بالا مانند باکتری های گرم منفی
حفظ کامل RNA غیر ریبوزومی(non-rRNA) و RNA کوچک (small RNA)
کاهش زمان و هزینه نسبت به روش های ستونی
افزایش دقت و حساسیت در آنالیز های بعدی

کاربرد روش Ribo-Zero در استخراج RNA از ویروس ها و باکتری ها

روش Ribo-Zero در استخراج RNA از ویروس ها کاربرد دارد. این روش میتواند rRNA از نمونه های حاوی ویروس های دارای RNA را حذف کند و به تحلیل ترانسکریپتوم ویروس کمک کند. برای مثال، کیتRibo-Zero rRNA Removal Kit (Bacteria) برای حذف rRNA از باکتری ها و ویروس های دارای RNA مانند کروناویروس، آنفلوآنزا، هپاتیت C و زیکا مناسب است. این کیت می تواند RNA total را از نمونه های خون، سرم، پلاسما، مایعات بدن و بافت ها جداسازی کند.

Ribo-Zero Plus

Ribo-Zero Plus یک روشی است که برای حذف rRNA از نمونه های RNA total استفاده میشود. این روش باعث میشود که داده های شامل ترانسکریپتوم کامل از ژنهای کدکننده و غیرکدکننده باشند. این روش برای نمونه های سالم و نیمه تخریب شده مناسب است و حداقل 1 میکروگرم RNA کل را به عنوان ورودی نیاز دارد.

بیشتر بخوانید:استخراج DNA آزاد سلولی

Ribo-Zero Plus از پروب های DNA و حذف آنزیماتی برای حذف ترانسکریپتهای فراوان از نمونه های RNA کل استفاده میکند. در حالی که روش های قدیمی Ribo-Zero از پروب های RNA بیوتین شده برای کشیدن ترانسکریپت های فراوان با مهره های استرپتاویدین استفاده میکردند.

Ribo-Zero Plus میتواند rRNA را از گونه های مختلف سلولها و باکتریها حذف کند. کیت Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit برای حذف rRNA سلول های انسانی، موش، موش صحرایی و باکتریهای گرم منفی و گرم مثبت طراحی شده است. این کیت همچنین ترانسکریپت های گلوبین بتا انسان را نیز حذف میکند.

Ribo-Zero Plus دارای کاربردهای زیر است:

تحلیل ترانسکریپتوم کامل: با حذف rRNA، Ribo-Zero Plus به شما اجازه میدهد که تمام ژن های کدکننده و غیرکدکننده را در نمونه RNA خود شناسایی و اندازه گیری کنید. این امر به بررسی عملکرد و تنظیم ژنها، شناسایی تغییرات ژنتیکی و تعاملات RNA-RNA کمک میکند
تحلیل RNA : با قابلیت استفاده در نمونۀ های نيمة تخـريب شده، Ribo-Zero Plus به شما اجازه میدهد که RNA را از نمونه های بافت FFPE و نمونه های با ورودی کم جداسازی کنید. این امر به بررسی تغییرات ژنتیک در نمونه های بالینی و بیوبانک کمک میکند.

پروب های Ribo-Zero از نوع پروب های هیبریدیزاسیون (hybridization probes) هستند که به صورت خاص به rRNA های مورد نظر بچسبند و آن ها را از RNA کل جدا کنند. این پروب ها دارای یک توالی مکمل با rRNA و یک توالی غیر مکمل با RNA کل هستند. این توالی غیر مکمل باعث می شود که پروب فقط به rRNA بچسبد و نه به RNA دیگر.

پروب های Ribo-Zero برای انواع مختلف rRNA های انسان، موش، موش صحرایی و باکتری طراحی شده اند. این پروب ها با استفاده از یک محلول لایساتور lysis solution) ) و یک محلول حذف ( removal solution ) عمل می کنند. محلول لایساتور باعث شکستن سلول ها و آزاد شدن RNA می شود. سپس پروب های Ribo-Zero به RNA اضافه می شوند و با rRNA ها هیبریدیزاسیون (hybridization) می کنند. در نهایت، محلول حذف به نمونه اضافه می شود که باعث جداسازی پروب ها و rRNA ها از RNA کل می شود. بقیه محتوای RNA که حاوی RNA غیر ریبوزومی non-rRNA و small RNA است، برای آزمایش های بعدی آماده می شود.

شما میتوانید برای خرید انواع دستگاه ترموسایکلر PCR مناسب با کارشناسان حرفه ای ما تماس حاصل فرمایید. شرکت ماناتک انواع کیت های استخراج و دستگاه های مولکولی را برای سهولت و تسریع در کار شما با قیمت مناسب و کیفیت بالا در اختیار شما میگذارد.