RNA چیست
RNA یا اسید ریبونوکلئیک یک مولکول پلیمری است که از واحدهای کوچکتر به نام نوکلئوتیدها تشکیل شده است. هر نوکلئوتید شامل یک قند ریبوز، یک گروه فسفات و یک باز نیتروژنی است. بازهای نیتروژنی موجود در RNA عبارتند از آدنین، گوانین، سیتوزین و یوراسیل. RNA در فرآیندهای بیولوژیکی مختلف مانند کدگذاری، رمزگشایی، تنظیم و بیان ژنها نقش دارد.
استخراج RNA در باکتری ها
استخراج RNA در باکتری ها یک فرآیند آزمایشگاهی است که به منظور جداسازی و تصفیه RNA از سلولهای باکتریایی انجام میشود. RNA یک مولکول پلیمری است که در بسیاری از فرآیندهای بیولوژیکی نقش دارد، مانند تولید پروتئینها، تنظیم بیان ژنها و انتقال اطلاعات ژنتیکی. استخراج RNA از باکتری ها ممکن است برای اهداف تحقیقاتی، تشخیصی یا درمانی انجام شود.
استخراج RNA در باکتری های گرم مثبت و گرم منفی
استخراج RNA باکتری های گرم مثبت و گرم منفی ممکن است با توجه به تفاوت های ساختاری دیواره سلولی آنها، به روش های مختلفی نیاز داشته باشد. برای مثال، برای استخراج RNA از باکتری های گرم منفی، معمولاً از روش لیزیس یا خرد کردن شیمیایی با استفاده از دترجنت های قوی مانند SDS استفاده میشود.
این روش باعث شکستن غشای خارجی و غشای پلاسمایی باکتری میشود و RNA را آزاد میکند. اما برای استخراج RNA از باکتری های گرم مثبت، این روش کافی نیست زیرا لایه پپتیدوگلایکان ضخیم آنها مقاومت بالایی در برابر دترژانها دارد. بنابراین، برای شکستن دیواره سلولی گرم مثبت، نیاز به استفاده از آنزیم های خورنده مانند لیزوزیم یا پروتئین کیناز K است. این آنزیمها پپتیدوگلیکان را هیدرولیز میکنند و RNA را قابل دسترس میکنند.
برای استخراج RNA در باکتری ها، سه تکنیک اصلی وجود دارد که عبارتند از:
روش استخراج بر اساس کلروفرم-فنل: این روش شامل استفاده از محلول های مبتنی بر فنل-گوانیدین ایزوتیوسیانات (GITC) است که باعث دناتوره شدن پروتئین ها و فعال شدن RNase شده و سپس با اضافه کردن کلروفرم، فازهای آبی حاوی RNA و DNA و پروتئین را از هم جدا میکند. در نهایت RNA را با استفاده از الکل خالص می کند.
مزایای روش استخراج بر اساس کلروفرم-فنل:
• مناسب برای نمونه های حجیم
• قابل تعمیم برای همه نمونه های بالینی
• حذف کامل DNA و پروتئین
• خالص سازی RNA با خلوص و گیرایی بالا
روش ستون چرخشی مبتنی بر غشای سیلیکا:
این روش شامل استفاده از ستون های حاوی غشای سیلیکا است که RNA را به خود متصل میکند. ابتدا نمونه با گوانیدین تیوسایانات (GT) گذرانده شده و سپس به ستون اضافه میشود. پس از شستشو با الکل، RNA را با آب DEPC از ستون الوت میکند.
مزایای روش ستون چرخشی مبتنی بر غشای سیلیکا:
بیشتر بخوانید:استخراج DNA آزاد سلولی
• مناسب برای نمونه های کوچک و کم حجم
• ساده و سریع
• حذف کامل DNA و پروتئین
• خالص سازی RNA با خلوص و گیرایی بالا
روش با استفاده از ذرات مغناطیس:
این روش شامل استفاده از ذرات پارامغناطیس است که RNA را به خود جذب میکند. در این روش، نمونه با لیرز lysis بافر حاوی گوانیدین هیدروکلراید (GHC) گذرانده شده و سپس به ذرات مغناطیس اضافه میشود. پس از جداسازی ذرات با قطب مغناطیس، RNA را با الکل شستشو داده و در نهایت با آب DEPC الوت میکند.
مزایای روش با استفاده از ذرات مغناطیس:
• مناسب برای نمونه های کوچک و کم حجم
• ساده و سریع
• حذف کامل DNA و پروتئین
• خالص سازی RNA با خلوص و گیرایی بالا
• قابل اتوماسیون و انجام در دستگاه های خودکار
برخی از کیت های استخراج RNA در باکتری ها از شرکت های بسیار معتبر مولکولی عبارتند از:
• کیت استخراج RNA باکتری از شرکت Qiagen:
این کیت یک روش ساده و سریع برای جداسازی RNA با کیفیت بالا از باکتری های گرم مثبت و گرم منفی است. این کیت از تکنولوژی ستون چرخشی مبنی بر غشای سیلیکا استفاده می کند و می تواند تا 100 میکروگرم RNA را از 109 سلول باکتری جداسازی کند. این کیت مناسب برای استفاده در متدهای RT-PCR، توالی RNA، microarray و غیره است.
• کیت استخراج RNA باکتری از شرکت Thermo Fisher Scientific :
این کیت یک روش کارآمد و قابل اعتماد برای جداسازی RNA با خلوص بالا و یکنواخت از باکتری های گرم مثبت و گرم منفی است. این کیت از تکنولوژی ذرات مغناطیس استفاده می کند و محلول لایساتور خود را دارد که به لحاظ فعال سازان آنزيمي، پروتئيني و نوكلئیكي بهينه شده است. این کیت قابل خودکار سازی بوده و مناسب برای استفاده در آزمایش های RT-qPCR، توالی RNA، microarray و غیره است.
• کیت استخراج RNA باکتری از شرکت Research Zymo:
این کیت یک روش آسان و سرعت بخش برای جداسازی RNA با دقت بالا از باکتری های گرم مثبت و گرم منفی است. این کیت از تکنولوژی Zymo-Spin Column استفاده می کند و محلول لایساتور خود را دارد که به لحاظ فعال سازان آنزيمي، پروتئيني و نوكلئيكي بهينه شده است. این کیت قابل خودکار سازی نبوده و مناسب برای استفاده در آزمایش های RT-PCR، توالی RNA، microarray و غیره است.
معرفی کیت های استخراج RNA ستونی شرکت ماناتک:
این محصول می تواند RNA باکتری را از نمونه های مایع بیولوژیکی پلاسما، سرم، بزاق و نمونه بینی استخراج کند ولی از خون نمی تواند و حداکثر حذف پروتئین و سایر ناخالصی های ترکیب آلی را تضمین می کند. RNA استخراج شده را می توان مستقیما برای فرایندهایی از جمله qRT-PCR و RT-PCR استفاده کرد. مقدار اسید نوکلئیک ویروسی خالص شده به نوع و منبع نمونه، تیتر ویروس و شرایط نگهداری و سن بستگی دارد. این کیت، برای استخراج DNA از باکتری های گرم منفی و گرم مثبت قابل استفاده می باشد.
از جمله مزایای کیت های شرکت ماناتک:
نیمه عمر بالای کیت، خدمات پس از فروش و بکارگیری ترکیبات شیمیایی سازگار با مواد زیستی جهت حذف آلودگی های RNA. شما میتوانید برای خرید انواع کیت های استخراج متناسب با پروژه خودتان پس از مطالعه متن بالا با کارشناسان حرفه ای ما در ماناتک تماس حاصل فرمائید و همچنین برای خرید دستگاه ترموسایکلر PCR از ما مشاوره دریافت نمائید.
