لودینگ دای چیست؟
رنگ بارگذاری ژل یک رنگی است که قبل از انجام الکتروفورز با نمونه DNA مخلوط می شود. بارگذاری رنگ ها چند هدف را دنبال می کنند: آنها نمونه شما را رنگ می کنند و تشخیص وجود یا عدم وجود DNA در ژل را آسان تر می کند.
DNA Loading Dye برای آماده سازی نشانگرها و نمونه های DNA برای بارگذاری روی ژل های آگارز یا پلی آکریل آمید استفاده می شود. این شامل دو رنگ مختلف (بروموفنول آبی و زایلن سیانولFF) برای ردیابی بصری حرکت DNA در طول الکتروفورز است. وجود گلیسرول تضمین می کند که DNA موجود در لدر و نمونه، لایه ای در کف چاه تشکیل می دهد. EDTA موجود در محلول یون های فلزی دو ظرفیتی را متصل می کند و نوکلئازهای وابسته به فلز را مهار می کند.
نقش بارگیری رنگ چیست؟
آنها نمونه شما را رنگ می کنند و تشخیص موفقیت شما در بارگیری ژل را آسان تر می کند. آنها متراکم هستند و از انتشار DNA در نمونه شما در بافر جلوگیری می کنند.
محلول آبی بروموفنول به عنوان رنگ بارگذاری نمونه در الکتروفورز DNA و ژل جداسازی پروتئین استفاده می شود. قبل از بارگذاری ژل با نمونه ها ترکیب می شود تا چگالی فراهم شده نمونه ها را به کف چاه فرو ببرد. مهاجرت نمونه ها در ژل از جلوی رنگ آبی در حال حرکت مشاهده می شود.
BPB به موازات 100 جفت باز تا 300 جفت باز در ژل آگارز 0.8 درصد، 150 جفت باز در ژل آگارز 2 درصد و 50 جفت باز در غلظت ژل آگارز 3 درصد است، بنابراین جلوتر از قطعه DNA می رود. به همین دلیل، مهاجرت DNA را می توان به شدت کنترل کرد.
رنگ بارگذاری یک جزء مهم در الکتروفورز ژل آگارز است. رنگ بارگیری شامل بروموفنل آبی، فیکول 400 و آب (بیشترین حجم لودینگ) است در حالی که زایلن سیانول، تریس و EDTA در آن اختیاری هستند.
بروموفنل بلو یکی از محبوب ترین شاخص های DNA در الکتروفورز ژل آگارز است. بروموفنول آبی نشانگر pH است. این یک اسید ضعیف است و به رنگ صورتی روشن تا کریستال بنفش و محلول در آب موجود است.
رنگ حاوی بار منفی است (به طور خاصBPB ) به طوری که می تواند به سمت باند مثبت در الکتروفورز ژل آگارز مهاجرت کند.
رنگ بروموفنول بلو حاوی ساکارز و زایلن سیانول است که این دو باعث مشاهده حرکت نمونه در ژل می شوند.
تفاوت بین رنگ بارگذاری و اتیدیوم بروماید چیست؟
بیشتر بخوانید:مشاوره خرید دستگاه ریل تایم PCR
رنگ بارگذاری برای ساخت نشانگرهای DNA استفاده می شود و به منظور دادن رنگ و چگالی به نمونه الکتروفورز اضافه می شود. اتیدیوم بروماید برای رنگ آمیزی DNA استفاده می شود. این یک رنگ ردیابی است که برای تجسم DNA در آزمایشات الکتروفورز ژل آگارز استفاده می گردد.
چرا رنگ را به ژل آگارز اضافه می کنیم؟
از آنجایی که DNA با چشم غیرمسلح قابل مشاهده نیست، در طول حرکت، رنگی مانند اتیدیوم بروماید (EtBr) در ژل گنجانده می شود. این رنگ به DNA متصل می شود و تحت نور UV، فلوئورسانس منتشر می کند و اجازه می دهد قطعات DNA قابل مشاهده باشند.
دو نوع نشانگر DNA کدامند؟
- چند شکلی طول قطعه محدود (RFLP) چند شکلی طول قطعه تقویت شده (AFLP)
عملکرد رنگ بارگیری ژل:
رنگ بارگذاری ژل چند عملکرد مهم در الکتروفورز ژل آگارز دارد:
این به عنوان یک نشانگر رنگ برای نظارت بر مهاجرت DNA در الکتروفورز ژل استفاده می شود. ببینید، DNA بی رنگ و بی بو است، ما نمی توانیم مهاجرت آن را در ژل ببینیم. بنابراین ما به برخی مواد شیمیایی نیاز داریم که بتوانند بالای آن مهاجرت کنند. تا بتوانیم از تمام شدن ژل آن جلوگیری کنیم. پیشرفت الکتروفورز را می توان با استفاده ازBPB (بروموفنول آبی) کنترل کرد.
باعث می شود DNA در کف چاه بنشیند. DNA ته نشین شده می تواند به درستی مهاجرت کند و نوارهای زیبا و شفاف تری به ژل بدهد.
- حتی به عنوان نشانگر رنگ، نشانگر PH اسیدی و به عنوان یک لکه بیولوژیکی استفاده می شود. در pH 3 رنگ زرد و pH بالای 4.8 رنگ آبی می دهد.
- برای ایجاد یک رنگ بارگذاری ژل DNA موثر، رنگ بارگیری باید ویژگی های زیر را داشته باشد:
- می تواند اثربخشی و کیفیت نتیجه را افزایش دهد، رنگ دیگری به نام زایلن سیانول و باید در ترکیب با بروموفنول آبی استفاده شود.
- رنگ باید رنگ کنتراست ایجاد کند و می تواند جلوتر از DNA حرکت کند. اگر با قطعه DNA ما مهاجرت کند، قطعه را نمی توان به درستی زیر نور UV مشاهده کرد.
- جزء رنگ بارگذاری ژل نباید با DNA تعامل داشته باشد در غیر این صورت می تواند بر سلسله مراتب ساختاری و تحرک DNA تأثیر بگذارد.
- علاوه بر این، نمی تواند با آگارز واکنش نشان دهد.
- رنگ بارگیری باید در درجه حرارت پایدار باشد. گاهی اوقات دمای بافر آگارز با ولتاژ بالا افزایش می یابد. در این شرایط اجزای رنگ بارگذاری باید ثابت بماند در غیر این صورت ژل ذوب می شود و نمی توانیم نتیجه خوبی بگیریم.
- پایداری رنگ بارگیری باید طولانی باشد
نتیجه:
بروموفنول بلو یکی از بهترین انتخاب ها برای تهیه رنگ بارگذاری ژل DNA است. با این حال، ترکیب آماده برای استفاده DNA حاوی رنگ نیز عملکرد خوبی دارد. می توانید استوک اصلی را به استوک های کوچک تر تقسیم و نگهداری نمائید، تا برای مدت طولانی از آن استفاده کنید (جلوگیری از ایجاد آلودگی و گم شدن استوک اصلی).
مدت زمان ماندگاری اینها خیلی زیاده ؟
با سلام… آیا این رنگ ها میتونن در دمای اتاق نگهداری بشن یا یخچالی هستن؟ آیا به نور حساسن؟
میشه قیمتش رو بفرمایید؟