استخراج اسیدهای نوکلئیک
استخراج اسیدهای نوکلئیک یکی از مهم ترین روش ها در زیست شناسی مولکولی است که نقطه شروع بسیاری از فرآیندهای پایین دستی را تشکیل می دهد. با این حال، در گذشته، استخراج اسید نوکلئیک دشوار و پیچیده بود. این تا زمان معرفی کیت های استخراج ستونی است. خالص سازی ستونی یک روش راحت و سریع برای تولید سریع نمونه های اسید نوکلئیک با کیفیت بالا است. با این حال، اهمیت انتخاب کیت مناسب برای برنامه شما قابل اغراق نیست. از درک نحوه کار آنها گرفته تا یافتن چارچوب مناسب برای اجرای برنامه شما، این مقاله شما را با تمام آنچه در مورد استخراج ستونی نیاز دارید آشنا می کند.
هنگام انتخاب کیت استخراج ستونی چه مواردی را باید در نظر بگیریم؟
اگرچه استخراج اسید نوکلئیک اغلب با معرف‌های موجود و تجهیزات آزمایشگاهی اولیه امکان‌پذیر است، کیت‌های ستونی تجاری می‌توانند زندگی را آسان‌تر کنند و همچنین به افزایش قوام و کیفیت استخراج‌های شما کمک می‌کنند.
هنگام انتخاب یک کیت ستونی مناسب برای استخراج اسید نوکلئیک، اطمینان از اینکه کیفیت و کمیت DNA ایزوله شده برای انجام کاربردهای پایین دست شما کافی است، ضروری است.نوع نمونه، نوع اسید نوکلئیک و حجم نمونه همگی بر کیفیت و کمیت DNA ایزوله شده تأثیر می‌گذارند و باید در انتخاب کیت خالص‌سازی ستونی نقش داشته باشند. علاوه بر این، در نظر گرفتن زمان، هزینه، سمیت بالقوه، و تخصص و الزامات آزمایشگاهی به انتخاب شما کمک می کند تا مطمئن شوید که بیشترین بهره را از استخراج خود می برید.
الف) نوع نمونه
نوع نمونه شما تفاوت زیادی در استخراج اسید نوکلئیک شما ایجاد می کند. از لیز سلول تا استخراج، کیت های تجاری می توانند شامل تمام معرف های مورد نیاز برای تولید نمونه شما باشند. این معرف ها را می توان بسته به نوع نمونه شما بهینه کرد.
به عنوان مثال، در مرحله لیز هنگام استخراج اسیدهای نوکلئیک از بافت های گیاهی به دلیل وجود دیواره سلولی سفت و سخت در اطراف سلول های گیاهی چالش برانگیز است. در حالی که بیشتر رویکردها نیاز به یک مرحله آسیاب مکانیکی پر زحمت دارند، هضم آنزیمی می تواند به ساده سازی لیز سلولی گیاه کمک کند.
ب) نوع اسید نوکلئیک
آیا DNA محیطی، محصولات PCR، ژنوم کامل، کروموزوم ها یا پلاسمیدها را استخراج می کنید؟ یا در حال تلاش برای تولید نمونه‌های mRNA یا استخراج ژنوم‌های RNA از ویروس‌ها هستید؟ از آنجایی که انواع مختلف اسید نوکلئیک دارای خواص فیزیکوشیمیایی متفاوتی هستند، یک کیت برای همه انواع بهینه نخواهد بود. پس چگونه شما انتخاب می کنید؟ به راحتی، اکثر تامین کنندگان کار سختی را برای شما انجام داده اند و کیت ها برای کاربردهای مختلف نشان داده شده اند.
ج) کاربرد
بسته به حساسیت در پروژه شما، ممکن است به نمونه‌های اسید نوکلئیک بسیار خالص، کم آلاینده و بازده بالا نیاز داشته باشید، ولی در موارد با حساسیت کمتر ممکن است روش های استخراج دیگری کاملاً خوب عمل کنند. به عنوان مثال، نشان داده شده است که نوک کاغذ صافی یک ماده اتصال دهنده مفید برای استخراج اسیدهای نوکلئیک است. با این حال، بیشتر کاربردهای زیست‌شناسی مولکولی به نمونه‌های باکیفیت نیاز دارند و به طور کلی، این به معنای مراحل اضافی برای حذف ناخالصی‌ها است. بسیاری از اینها آلاینده های باقی مانده هستند که برای رسوب اسیدهای نوکلئیک در استخراج های ستون – سنتی (مانند اتانول) استفاده می شوند.
د) حجم نمونه و ظرفیت کیت ها
کیت های ستونی به دو صورت به حجم معینی محدود می شوند: (1) ظرفیت بارگیری و (2) حداکثر ظرفیت اتصال خود ستون. در حالی که افزایش تعداد چرخش های سانتریفیوژ یک راه حل ساده برای افزایش حجم نمونه است، افزودن مراحل پروتکل باعث افزایش زمان، کار و افزایش پتانسیل آلودگی می شود. بسیاری از تامین کنندگان فرمت های اندازه های مختلف (مانند مینی، میدی و ماکسی) را برای برآورده کردن طیف وسیعی از ظرفیت های اتصال ارائه می دهند. با این حال، کیت های مقیاس بزرگتر معمولاً با افزایش هزینه همراه هستند. از آنجایی که این کیت ها به DNA اتصالی متکی نیستند، حداکثر ظرفیت اتصال خود ستون را محدود نمی کنند.
بیشتر بخوانید:مشاوره خرید دستگاه ریل تایم PCR
ه) نوع سانتریفیوژ
کیت‌های استخراج در قالب‌های مختلفی وجود دارند: از ستون‌ها گرفته تا صفحات میکروتیتر 96 چاهکی یا 384 چاهکی. اکنون، تصور کنید کیت خود را با دقت انتخاب کرده اید و متوجه می شوید که نوع سانتریفیوژ و/یا آداپتور مناسبی برای اجرای استخراج اسید نوکلئیک خود ندارید. برای جلوگیری از این ناامیدی و اطمینان از اینکه می توانید آزمایش خود را به سرعت انجام دهید، مهم است که ابتدا تجهیزات مناسب را بررسی کنید.
سانتریفیوژ مورد استفاده نیز می تواند در نتیجه آزمایش شما تفاوت ایجاد کند. در حالی که استخراج ستون اسپین معمولاً به یک میکروسانتریفیوژ نیاز دارد و تعداد نمونه‌هایی را که می‌توان در هر زمان پردازش کرد محدود می‌کند. برای غلبه بر این مشکل، تعدادی شرکت ها یک آداپتور ستون – را ارائه می دهد که با تمام کیت های خود شرکت سازگار است. آداپتور را می توان در یک سانتریفیوژ صفحه ای با روتور چرخاننده استفاده کرد که به طور همزمان توان نمونه را افزایش می دهد و تضمین می کند که ماتریس ستون صاف می ماند به طوری که کارایی استخراج به خطر نمی افتد.
و) توان عملیاتی
اگر تعداد کمی از نمونه ها را پردازش می کنید، ممکن است پروتکل درگیر خیلی وقت گیر نباشد. با این حال، تحقیقات زیست‌شناسی مولکولی به طور فزاینده‌ای به داده‌های بیشتر و در نتیجه ظرفیت نمونه بیشتری نیاز دارد. با افزایش تعداد نمونه، استخراج‌های ستون – با تکیه بر روش کلاسیک « اتصال و شستشو» به سرعت زمان‌بر می‌شوند. بنابراین، فناوری‌هایی که استخراج اسید نوکلئیک را به یک مرحله کاهش می‌دهد، می‌تواند در زمان و نیروی کار شما صرفه‌جویی کند. هنگام کار با تعداد زیادی نمونه، ارزش آن را دارد که اتوماسیون را در نظر بگیرید. استخراج خودکار اسید نوکلئیک نه تنها می تواند باعث افزایش توان عملیاتی و افزایش دقت شود، بلکه باعث کاهش زمان عملی و بهبود کیفیت اسیدهای نوکلئیک استخراج شده می شود.
انتخاب آسان شد
انتخاب کیت استخراج نوکلئیک مناسب بر اساس عوامل مختلفی از نوع نمونه و نوع اسید نوکلئیک گرفته تا حجم نمونه و توان عملیاتی انجام می شود. اما، انتخاب کیت مناسب نیازی به پیچیدگی خاصی ندارد. برچسب زدن واضح بر اساس نوع نمونه به این معنی است که انتخاب مناسب ترین کیت برای برنامه شما ساده است و به شما زمان بیشتری برای تمرکز روی کار آزمایشگاهی خود می دهد.
کلام آخر:
در این مقاله، جهت خرید مناسب ترین و کاراترین کیت های استخراج ستونی طبق نیاز مجموعه آزمایشگاهی شما، به شما مشاوره داده ایم. جهت دریافت مشاوره تخصصی و خرید کیت ها و خرید انواع دستگاه ترمال سایکلر PCR با کارشناسان ما در ماناتک تماس حاصل فرمایید.
