ادامه مقاله طراحی پرایمر 1
برخی از نرم افزارهای تحت سیستم عامل طراحی پرایمر عبارتند از:
- Primer Premier: نرم افزاری است که بر اساس الگوریتم Primer3، پرایمرها را طراحی میکند. این نرم افزار قابلیت تعیین ژنوم مورد نظیر را دارد و محدود به چند ژنوم خاص نیست. این نرم افزار همچنین قابلیت طراحی پرایمرهای خاص برای qPCR، SNP Genotyping و Multiplex PCR را دارد.
- Oligo: یک نرم افزار تجاری است که بر اساس الگوریتم Oligo، پرایمرها را طراحی میکند. این نرم افزار قابليت تعيين ژنوم مورد نظير را دارد و محدود به چند ژنوم خاص نيست. اين نرم افزار همچنين قابليت طراحي پرايمرهاي خاص qPCR، SNP Genotyping، Multiplex PCR، In Situ Hybridization و Sequencing را دارد.
Oligo7:
نرم افزار Oligo 7 یک ابزار قدرتمند برای طراحی و تحلیل پرایمرها و پروب های مورد استفاده در PCR و تکنولوژی های مرتبط است. همچنین می توان از این نرم افزار برای طراحی ژن های مصنوعی، پروب های مختلف مانند siRNA و molecular beacons استفاده کرد.
این نرم افزار قابلیت پردازش گروهی فایل ها را دارد و می توان طراحی پرایمر را به صورت خودکار یا دستی انجام داد. برای هر پرایمر یا جفت پرایمر، Oligo 7 اطلاعات مفیدی را نشان می دهد، مانند ساختار ثانویه DNA و RNA، تشکیل دایمر. بعلاوه، Oligo 7 می تواند ORF ها را شناسایی کند و وزن مولکولی و pKa پروتئین ها را پیش بینی کند. همچنین می توان با Oligo 7 به جستجوی سایت های آنزیم های محدود کننده در DNA و پروتئین های باز تولید شده پرداخت.
برای بهترین شکل استفاده از این نرم افزار، باید به چند نکته توجه کنید:
- ابتدا توالی DNA مورد نظر خود را به نرم افزار وارد کنید. می توانید از فایل های مختلفی مانند fasta یا seq استفاده کنید یا توالی را به صورت دستی در صفحه edit sequence وارد کنید
- سپس از منوی design گزینه PCR را انتخاب کنید. در این صفحه می توانید پارامترهای مختلفی را برای طراحی پرایمر تعیین کنید، مانند طول، دمای ذوب، درصد GC، تعداد پرایمرهای مورد نظر و غیره
- بعد از تعیین پارامترها، بر روی دکمه search کلیک کنید. نرم افزار به صورت خودکار پرایمرهای مناسب را بر اساس داده های ترمودینامیکی پیدا می کند
- شما می توانید نتایج جستجو را در صفحات مختلف مشاهده کنید، مانند primer list, primer pair list, primer pair analysis, primer pair map و غیره. در این صفحات می توانید اطلاعات مفیدی را در مورد پرایمرهای انتخاب شده ببینید، مانند ساختار ثانویه، تشکیل دیمر، همولوژی، خصوصیات فیزیکی و غیره
- شما می توانید پرایمرهای خود را به صورت دستی ویرایش یا حذف کنید یا پرایمرهای جدید را به صورت دستی طراحی کنید. همچنین می توانید پروب های مختلف را برای PCR زمان واقعی طراحی کنید.
- در نهایت، شما می توانید پروژه خود را با فرمت oligo ذخیره کنید یا پرایمرهای خود را با فرمت های fasta, seq, excel یا word خروجی بگیرید.
Gene runner:
نرم افزاری آفلاین است و نیازی به اتصال به اینترنت ندارد. به شما کمک می کند تا توالی های DNA و RNA را بررسی و آنالیز کنید. با این نرم افزار می توانید:
- آمینو اسید دلخواه خود را انتخاب کنید و بخش هایی از DNA را که می خواهید مورد بررسی قرار دهید را مشخص کنید.
- آنزیم های مختلف را با نوع palindromic / non-palindromic شناسایی و آنالیز کنید.
- پرایمر های مناسب برای PCR یا سایر روش های کلونینگ را طراحی و چک کنید.
- نقشه های پلاسمید را رسم و ویرایش کنید.
- Geneious Prime یک نرم افزار تحت سیستم عامل است که برای طراحی پرایمر و تجزیه و تحلیل دادههای سیکوئنسینگ استفاده میشود. این نرم افزار بر اساس الگوریتم Primer3، پرایمرها را طراحی میکند و قابلیت تعیین ژنوم مورد نظیر را دارد و علاوه بــــــر طراحي پرايم، قابليت جستجو در پايگاه داده NCBI، تجزيه و تحليل DNA و RNA را دارد.
توضیحات بیشتر در مورد دو نرم افزار :
Primer 3 plus:
نرم‌افزار Primer3 یکی از محبوب‌ترین و معتبرترین ابزارها برای طراحی پرایمر است. Primer3Plus نسخه‌ای وب‌بازاری از Primer3 است که با یک رابط کاربری وب مدرن‌تر و کاربرپسندتر ارائه شده است.
ویژگی‌های کلیدی Primer 3 Plus:
طراحی پرایمر و پروب: این نرم‌افزار به طور خودکار پرایمرها و پروب‌ها را برای هدف‌های مختلف طراحی میکند.
تحلیل دمای ذوب (Tm): دمای ذوب پرایمرها را محاسبه میکند تا اطمینان حاصل شود که پرایمرها در شرایط PCR مناسب عمل کنند.
بررسی ساختارهای دوتایی: نرم‌افزار ساختارهای دوتایی پرایمر را تحلیل میکند تا از تشکیل ساختارهای نامطلوب جلوگیری کند.
نحوه کارکرد با Primer 3 Plus:
وارد کردن توالی: توالی DNA هدف خود را در قسمت مربوطه وارد کنید.
بیشتر بخوانید:دستگاه دیجیتال pcr
انتخاب مناطق هدف: اگر منطقه خاصی از توالی را می‌خواهید تکثیر کنید، آن منطقه را مشخص کنید.
تنظیم پارامترها: می‌توانید پارامترهای مختلفی مانند دمای ذوب مورد نظر، حداکثر و حداقل طول پرایمر و غیره را تنظیم کنید.
اجرای طراحی: بر روی دکمه مربوط به طراحی کلیک کنید تا نرم‌افزار پرایمرها را طراحی کند.
بررسی نتایج: نتایج طراحی را بررسی کنید و پرایمرهای مناسب را انتخاب کنید.
Primer3Plus با رابط کاربری وب خود، فرآیند طراحی پرایمر را ساده و کاربرپسند کرده است. این ابزار به تحقیق‌گران کمک میکند تا پرایمرهای با کیفیت بالا برای واکنش‌های PCR خود طراحی کنند.
Allele ID:
این نرم افزار جامع یکی از پیشرفته ترین و کارآمدترین نرم افزارهای شناسایی گونه های زیستی از جمله پاتوژن ها می باشد، این نرم افزار با همردیف یا هم تراز کردن توالی های مختلف با استفاده از ClustalW، نواحی محافظت شده (Conserved) و اختصاصی گونه ها را آنالیز میکند. همچنین به کمک این نرم افزار طراحی پرایمر و پروب برای انواع PCR و ریل تایم نیز انجام می شود.
شما با استفاده از این نرم افزار می توانید:
- نواحی محافظت شده و اختصاصی گونه های مختلف را با استفاده از روش های مختلف مثل BLAST، و … شناسایی کنید.
- قابلیت طراحی پرایمر و پروب های مناسب برای اهداف ژنتیکی متفاوت با دقت بالا و با توجه به شرایط آزمایشگاهی
- قابلیت طراحی پروب های FRET، TaqMan، Molecular Beacon، Scorpion، LNA، PNA و …
- قابلیت طراحی پروب های Multiplex برای شناسایی چندین گونه یا ژن در یک تست مولکولی
- قابلیت طراحی پروب های SNP برای شناسایی تغییرات نوکلئوتید در DNA
- قابلیت طراحی پروب های HRM برای شناسایی تغییرات ساختار DNA
کلام آخر:
در این مقاله سعی کردیم تا نرم افزارهای مهم در طراحی پرایمر را برای شما معرفی کنیم. برای خرید انواع دستگاه ترموسایکلر PCR و اطلاع از سایر محصولات و خدمات شرکت ماناتک، با مشاوران ما تماس حاصل فرمائید.
من برای طراحی پرایمر برای پایان نامه ام اصلا نمیدونستم باید چیکار کنم. ولی با مقاله شما فهمیدم✌️
سپاس از دیدگاه شما