دوره آموزش آنالیز داده های Microarray

معرفی دوره

تکنولوژی ریزآرایه (Microarray) یکی از ابزارهای انقلابی در زیست‌شناسی مولکولی است که به پژوهشگران اجازه می‌دهد سطح بیان هزاران ژن را به‌طور همزمان در یک نمونه بررسی کنند. این فناوری نقش کلیدی در درک مکانیسم‌های بیماری، شناسایی نشانگرهای زیستی (Biomarkers) و مطالعات فارماکوژنومیکس ایفا می‌کند.

اگر به دنبال تسلط بر استخراج داده‌های بیولوژیک از دلِ هزاران ژن هستید، این دوره آموزشی برای شما طراحی شده است. ما در این مسیر، شما را از مفاهیم پایه تا مهارت‌های پیشرفته آنالیز در محیط R همراهی می‌کنیم. سرفصل‌های این دوره به‌گونه‌ای تدوین شده که تمامی مراحل یک آنالیز استاندارد را پوشش می‌دهد:

ما کار را با مقدمات و شناخت چیپ‌های ریزآرایه آغاز می‌کنیم (جلسات ۱ و ۲) و بلافاصله به سراغ کاربردی‌ترین ابزارها مانند دیتابیس GEO و نرم‌افزار Geo2R می‌رویم (جلسه ۳). در ادامه، با شرح کامل مسیر آنالیز، یاد می‌گیرید که چگونه با استفاده از پکیج قدرتمند GEOquery داده‌ست‌های موردنیاز خود را دانلود کنید (جلسات ۵ و ۶).

بخش فنی دوره شامل خوانش داده‌های Affymetrix، پیش‌پردازش اصولی داده‌ها و کار با پلتفرم‌های متنوعی همچون Agilent است (جلسات ۷، ۸ و ۱۰). در گام‌های نهایی، شما با استفاده از پکیج محبوب Limma به محاسبه افتراق بیان ژن (Differential Gene Expression) خواهید پرداخت، نمودارهای Volcano را برای تفسیر نتایج ترسیم خواهید کرد و در نهایت مهارت Data Visualization (تصویرسازی داده‌ها) را به دست خواهید آورد (جلسات ۴، ۹ و ۱۱). همچنین، در جلسه تکمیلی، با انواع روش‌های Annotation آشنا خواهید شد تا بتوانید خروجی‌های آنالیز خود را به اطلاعات بیولوژیکی معنادار تبدیل کنید.

مدرس دوره: احسان کرامتی – دکترای تخصصی ژنتیک

آکادمی بیولوژی کرامتی

جلسات

جلسه 1: مقدمه و معرفی تکنولوژی ریز آرایه

جلسه 2: آشنایی با چیپ های ریز آرایه

جلسه 3: آموزش دیتابیس GEO و نرم افزار Geo2R

جلسه 4: تفسیر نمودار Volcano

جلسه 5: شرح کامل مسیر آنالیز

جلسه 6: دانلود دیتاست ها با استفاده از GEOquery

جلسه 7: خوانش داده های Affymetrix

جلسه 8: پیش پردازش داده ها

جلسه 9: محاسبه افتراق بیان ژن با استفاده از پکیج Limma

جلسه 10: پلتفورم Agilent

جلسه 11: Data Visualization

جلسه تکمیلی: انواع روش های Annotation داده های بیان ژن

دانلود فایل دوره