دوره آموزش دیتابیس های زیستی

معرفی دوره

دیتابیس‌های زیستی (NCBI، UCSC، Ensembl، Uniprot و…) زیرساخت اصلی هر تحلیل بیوانفورماتیکی هستند. قبل از اینکه بتوان الگوریتم یا ابزار پیشرفته‌ای اجرا کرد، باید بدانید:

• داده خام (توالی DNA/RNA/پروتئین، ساختار سه‌بعدی، اطلاعات بیان ژن) از کجا و چگونه استخراج می‌شود
• چگونه یک ژن را در ژنوم پیدا کنید، واریانت‌ها و SNPهای آن را بشناسید
• چطور بین پایگاه‌های مختلف (مثلاً آیدی ژن در NCBI با Ensembl یا UniProt) ارتباط برقرار کنید
• چگونه مسیرهای سیگنالینگ، برهمکنش پروتئین-پروتئین، و تنظیم ژنی توسط microRNA را بررسی کنید

بدون تسلط بر این پایگاه‌ها، کار با ابزارهای تحلیلی پیشرفته‌تر (مثل NGS، RNA-seq، داکینگ مولکولی) عملاً غیرممکن یا پر از خطاست، چون ورودی صحیح تحلیل‌ها از همین دیتابیس‌ها تأمین می‌شود.

دوره از پایه شروع می‌شود و در ۳ محور اصلی پیش می‌رود:

۱. دیتابیس‌های توالی و ژنومی (جلسات ۱–۱۳)

آشنایی عمیق با NCBI (استخراج توالی، BLAST، واریانت‌ها، SNP)، UCSC Genome Browser، و معرفی Ensembl و UniProt به‌عنوان مراجع تکمیلی برای اطلاعات ژنومی و پروتئینی.

۲. مسیرهای سیگنالینگ و شبکه‌های برهمکنشی (جلسات ۱۴–۱۹)

کار با KEGG برای مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ، String برای شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین، Reactome، و GeneCards به‌عنوان مرجع جامع اطلاعات ژنی.

۳. ابزارهای تحلیل ساختاری و توالی (جلسات ۲۰–۲۵)

کار با Expasy برای پرومتر و جایگاه‌های برشی آنزیمی، SWISS-MODEL برای پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین، RNAfold برای ساختار ثانویه RNA، و ابزارهای تبدیل شناسه ژن.

۴. تحلیل‌های کاربردی و تخصصی‌تر (جلسات ۲۶–۳۱)

ورود به تحلیل داده‌های واقعی: GEO2R برای داده‌های بیان ژن، دیتابیس SRA در تحلیل NGS/RNA-seq، PDB در داکینگ مولکولی، و در نهایت سه جلسه تخصصی درباره microRNA (mirDB، TargetScan، RNA22) برای بررسی برهمکنش miRNA-mRNA.

این ساختار به‌گونه‌ای طراحی شده که دانشجو از شناخت پایه‌ای توالی‌ها شروع کرده و به تحلیل‌های کاربردی‌تر در سطح سیستم‌های بیولوژیک و رگولاتوری می‌رسد.

جلسات

پایگاه داده NCBI – آشنایی با NCBI – قسمت اول

پایگاه داده NCBI – قسمت دوم – استخراج توالی DNA، RNA و پروتئین

پایگاه داده NCBI – قسمت سوم – Genomic Region

پایگاه داده NCBI – قسمت چهارم – کروموزوم‌های ژنوم اورگانیسم

پایگاه داده NCBI – قسمت پنجم – استخراج ژن‌های اورگانیسم

پایگاه داده NCBI – قسمت ششم – نحوه استفاده از BLAST

پایگاه داده NCBI – قسمت هفتم – ترنسکریپت واریانت‌های مختلف یک ژن

پایگاه داده NCBI – قسمت هشتم – اسنیپ‌های (SNP) توالی یک ژن

آموزش پایگاه داده UCSC – قسمت اول

آموزش پایگاه داده UCSC – قسمت دوم

آموزش پایگاه داده UCSC – قسمت سوم

آشنایی با دیتابیس Ensembl

آشنایی با دیتابیس Uniprot

آموزش پایگاه داده KEGG – قسمت اول

آموزش پایگاه داده KEGG – قسمت دوم

آشنایی با دیتابیس String – قسمت اول – معرفی نرم‌افزار

آشنایی با دیتابیس String – قسمت دوم – مثال

آشنایی با دیتابیس Reactome در مطالعه مسیرهای سیگنالینگ سلولی

آموزش کامل دیتابیس GeneCards

به دست آوردن توالی پروموتر یوکاریوتی با Expasy

نحوه تشخیص جایگاه‌های برش آنزیم‌های پروتئاز با Expasy

پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها با ابزار SWISS-MODEL

پیش‌بینی ساختار ثانویه RNA‌ها با استفاده از RNAfold

ترسیم ساختار سه‌بعدی ثانویه RNA

تبدیل آیدی ژن‌ها با Gene ID Conversion Tools : قسمت ۱

آموزش کامل کار با نرم‌افزار GEO2R و دیتابیس GEO

دیتابیس SRA

پایگاه داده PDB

آموزش دیتابیس mirDB در زمینه microRNA‌ها

آموزش دیتابیس TargetScan در زمینه MicroRNA

آموزش نرم‌افزار RNA22 – بررسی برهمکنش بین miRNA و Target RNA

دانلود فایل دوره

این دوره فایلی ندارد.