دوره آموزش آنالیز داده های ChIP-seq

معرفی دوره

تکنیک ChIP-seq یکی از قدرتمندترین روش‌ها برای بررسی برهم‌کنش پروتئین‌ها با DNA و شناسایی نواحی تنظیمی ژنوم است، اما تبدیل داده‌های خام توالی‌یابی به نتایج زیستی معنادار، نیازمند تسلط بر مسیرهای بیوانفورماتیکی پیچیده است. این دوره آموزشی به گونه‌ای طراحی شده است که شما را از مفاهیم مقدماتی تا اجرای یک خط‌لوله (Pipeline) کامل و حرفه‌ای در محیط لینوکس همراهی کند تا بتوانید تحلیل‌های پروژه‌های واقعی را به‌صورت مستقل انجام دهید.

ما در ابتدای دوره، پس از بررسی کلیات تکنیک ChIP-seq و مفاهیم پایه، مسیر عملیاتی خود را با دریافت داده‌های خام از دیتابیس‌های معتبر نظیر SRA آغاز می‌کنیم. شما یاد خواهید گرفت چگونه با استفاده از SRA Toolkit فایل‌ها را به فرمت استاندارد FASTQ تبدیل کرده و با بهره‌گیری از ابزار FastQC، کیفیت توالی‌ها را به‌صورت دقیق ارزیابی کنید. در ادامه این مسیر، مهارت همتراز کردن (Alignment) توالی‌ها روی ژنوم مرجع با استفاده از الگوریتم دقیق Bowtie2 را کسب خواهید کرد و در نهایت با به‌کارگیری SAMtools، فایل‌های حاصل را به فرمت BAM سورت‌شده تبدیل می‌کنید تا برای مراحل بعدی آنالیز آماده شوند.

پس از آماده‌سازی و نرمال‌سازی داده‌ها، تمرکز اصلی دوره بر شناسایی دقیق نواحی اتصال (Peak Calling) قرار می‌گیرد که این کار را با استفاده از نرم‌افزار قدرتمند MACS3 انجام خواهیم داد. در این مرحله، شما نه‌تنها یاد می‌گیرید چگونه پیک‌ها را شناسایی کنید، بلکه با استفاده از نرم‌افزار بصری IGB، خواهید آموخت چگونه این یافته‌ها را به‌صورت تصویری در ژنوم مشاهده کرده و نتایج خود را اعتبارسنجی کنید تا به درک عمیق‌تری از داده‌های خود برسید.

در بخش نهایی دوره، ما وارد تحلیل‌های تخصصی‌تر می‌شویم؛ جایی که با استفاده از مجموعه ابزارهای BEDTools، به مدیریت و دستکاری فایل‌های ژنومی می‌پردازیم. شما با روش‌های یافتن موتیف‌های اتصالی آشنا شده و یاد می‌گیرید چگونه پیک‌های شناسایی‌شده را انوتیشن کنید تا بفهمید هر یک در چه نواحی از ژنوم قرار دارند. در نهایت، با استفاده از پکیج تخصصی DiffBind، تحلیل‌های افتراقی پیک‌ها را انجام خواهید داد تا تغییرات بین نمونه‌های مختلف را به درستی تفسیر کنید. با پایان این دوره، شما به مجموعه‌ای کامل از مهارت‌های عملی مجهز خواهید شد که به شما اجازه می‌دهد از ابتدای پروژه تا استخراج نتایج نهایی را با اطمینان و دقت علمی پیش ببرید.

مدرس دوره: احسان کرامتی – دکترای تخصصی ژنتیک

آکادمی بیولوژی کرامتی

جلسات

جلسه 1: آشنایی با مبانی ChIP‑seq و مسیر کلی تحلیل داده‌ها

جلسه 2: دریافت داده از SRA، کنترل کیفیت و همترازی روی ژنوم مرجع

جلسه 3: نرمال‌سازی داده‌ها، شناسایی پیک‌ها با MACS3 و مشاهده در IGB

جلسه 4: تحلیل پیشرفته ChIP‑seq شامل BEDTools، شناسایی موتیف، انوتیشن پیک‌ها و تحلیل افتراقی با DiffBind

دانلود فایل ها