دوره آموزش آنالیز داده های RNA-seq دیتابیس TCGA

معرفی دوره

TCGA یا The Cancer Genome Atlas یک پایگاه داده بزرگ و معتبر در حوزه سرطان است که داده‌های ژنومی، ترنسکریپتومی و کلینیکال هزاران نمونه توموری و نرمال را در اختیار پژوهشگران قرار می‌دهد.

در این دوره، تحلیل داده‌های RNA-seq از دیتابیس TCGA به‌صورت کاربردی و پروژه‌محور آموزش داده می‌شود. در ابتدا با استفاده از پکیج TCGAbiolinks نحوه جست‌وجو، دریافت و آماده‌سازی داده‌های مربوط به پروژه‌های مختلف TCGA را یاد می‌گیرید. سپس با کمک پکیج DESeq2، آنالیز افتراق بیان ژن‌ها انجام می‌شود و ژن‌های دارای افزایش یا کاهش بیان شناسایی خواهند شد. در ادامه، روش‌های Annotation ژن‌ها بررسی می‌شود تا نتایج به‌دست‌آمده قابل تفسیرتر و قابل استفاده در تحلیل‌های زیستی باشند. همچنین در این دوره با رسم نمودارهای مهم و پرکاربردی مانند PCA Plot، Heatmap، Volcano Plot و سایر نمودارهای تحلیلی آشنا می‌شوید. علاوه بر داده‌های بیان ژن، نحوه دریافت اطلاعات کلینیکال مربوط به نمونه‌ها نیز آموزش داده می‌شود تا بتوانید این اطلاعات را در کنار داده‌های مولکولی برای تحلیل‌های دقیق‌تر و جامع‌تر مورد استفاده قرار دهید.

مدرس دوره: احسان کرامتی – دکترای تخصصی ژنتیک

آکادمی بیولوژی کرامتی

جلسات

جلسه 1: آشنایی با پکیج TCGAbiolinks

جلسه 2: دانلود سمپل های پروژه مورد نظر

جلسه 3: Annotation Gene Filtering

جلسه 4: Subset کردن رونوشت مورد نظر

جلسه 5: آنالیز افتراقی با استفاده از پکیج DEseq2

جلسه 6: DEG Annotation

جلسه 7: Data Visualization

جلسه تکمیلی1: دانلود داده های کلینیکال دیتابیس TCGA

جلسه تکمیلی2: انواع روش Annotation در داده های بیان ژن

پکیج EZTCGA:

دانلود فایل دوره

دانلود پکیج EZTCGA