دوره آموزش لینوکس برای بیولوژیست

معرفی دوره

در عصر تحقیقات نوین زیستی، عبور از محدودیت‌های نرم‌افزارهای رابط کاربری گرافیکی برای مدیریت حجم عظیم داده‌ها یک ضرورت انکارناپذیر است. چه در حال تحلیل داده‌های سنگین توالی‌یابی نسل جدید (NGS) باشید و چه در پی شبیه‌سازی‌های پیچیده مولکولی، لینوکس به ستون فقرات بیوانفورماتیک تبدیل شده است. این دوره آموزشی فشرده دو ساعته دقیقاً برای زیست‌شناسان و محققینی طراحی شده که می‌خواهند فاصله میان دانش بیولوژیک خود و دنیای محاسبات سنگین را پر کنند. ما از صفر مطلق شروع می‌کنیم تا توضیح دهیم لینوکس چیست، چرا به عنوان استاندارد جهانی در محیط‌های تحقیقاتی شناخته می‌شود و چرا برای پروژه‌های جدی بیوانفورماتیک، جایگزینی بهتر از محیط‌های لینوکسی وجود ندارد.

قدرت واقعی لینوکس زمانی آشکار می‌شود که با ابزارهای تخصصی این حوزه روبرو می‌شوید. در این دوره، شما خواهید آموخت که چگونه این سیستم‌عامل، بستری پایدار و قدرتمند برای اجرای خط‌لوله‌های آنالیز داده‌های خام NGS و استفاده از ابزارهای استانداردی مانند GATK فراهم می‌کند که برای فراخوانی واریانت‌های ژنومیک حیاتی هستند. علاوه بر مباحث ژنومیک، ما به کاربرد لینوکس در محاسبات بیوفیزیکی می‌پردازیم و نشان می‌دهیم چگونه می‌توان نرم‌افزارهای شبیه‌سازی داینامیک مولکولی نظیر GROMACS را در این محیط مدیریت و اجرا کرد. شما درک خواهید کرد که چرا این ابزارها عمدتاً برای لینوکس توسعه یافته‌اند و تسلط بر این سیستم‌عامل چگونه کنترل کاملی بر جریان‌های کاری (Workflows) پژوهشی شما ایجاد می‌کند.

این دوره صرفاً تئوری نیست و تمرکز اصلی ما بر مهارت‌های عملی است که شما را از همین امروز آماده کار می‌کند. ما به شما آموزش می‌دهیم که چگونه اوبونتو را بر روی سیستم خود و در یک محیط ایزوله (Virtual Machine) نصب کنید تا بدون هیچ ریسکی تمرین کنید. همچنین روش‌های اتصال به سرورهای لینوکسی از راه دور با استفاده از نرم‌افزار Putty را یاد خواهید گرفت؛ مهارتی که برای هر پژوهشگری که با خوشه‌های محاسباتی (HPC) کار می‌کند، ضروری است. از تسلط بر محیط خط فرمان و پیمایش در فایل‌ها گرفته تا نصب نرم‌افزارها و آشنایی با فرمت‌های مختلف بسته‌های لینوکسی، این دوره تمامی ابزارهای بنیادی را به شما می‌دهد تا با اعتمادبه‌نفس، چالش‌های نرم‌افزاری خود را پشت سر بگذارید.

در پایان این دو ساعت، نه تنها ابهامات شما در مورد محیط لینوکس برطرف خواهد شد، بلکه دیگر از کار با خط فرمان یا مواجهه با نرم‌افزارهای تخصصی هراسی نخواهید داشت. هدف ما این است که شما با اطمینان کامل به مدیریت، نصب و اجرای ابزارهای پیچیده بیوانفورماتیک بپردازید. چه در ابتدای مسیر یادگیری تحلیل داده‌های زیستی باشید و چه قصد داشته باشید جریان کاری فعلی خود را بهینه کنید، این دوره نقطه شروعی ایده‌آل برای تسلط بر سیستم‌عامل اصلی دنیای علم است.

مدرس دوره: احسان کرامتی – دکترای تخصصی ژنتیک

آکادمی بیولوژی کرامتی

جلسات

جلسه 1: آموزش لینوکس برای بیولوژیست

دانلود فایل دوره

این دوره فایلی ندارد