دوره آموزش آنالیز داده های Single Cell RNA-seq

معرفی دوره

این دوره با هدف آشنایی عملی با تحلیل داده‌های Single‑Cell RNA‑seq طراحی شده و شرکت‌کنندگان را به‌صورت مرحله‌به‌مرحله با روند استاندارد آنالیز این داده‌ها در محیط R و با استفاده از پکیج Seurat آشنا می‌کند. در ابتدای دوره مفاهیم پایه و کلیات تحلیل داده‌های سینگل‌سل معرفی می‌شود و سپس ساختار داده‌ها و فرمت‌های رایج مانند 10x بررسی شده و نحوه وارد کردن داده‌ها و ساخت Seurat Object آموزش داده می‌شود. در ادامه، مراحل مهم پیش‌پردازش شامل ادغام (merge) داده‌ها، کنترل کیفیت، نرمال‌سازی، شناسایی ژن‌های با واریانس بالا، یکپارچه‌سازی (integration) داده‌ها و مقیاس‌بندی توضیح داده می‌شود. همچنین در این دوره تحلیل cell cycle، روش‌های کاهش ابعاد مانند PCA و تکنیک‌های خوشه‌بندی با tSNE و UMAP آموزش داده شده و در نهایت نحوه شناسایی ژن‌های مارکر و آنوتیت کردن کلاسترهای سلولی برای تفسیر زیستی نتایج بررسی می‌شود. این دوره به گونه‌ای طراحی شده که شرکت‌کنندگان بتوانند مسیر کامل تحلیل داده‌های Single‑Cell RNA‑seq را از داده خام تا تفسیر نتایج فرا بگیرند.

مدرس دوره: احسان کرامتی – دکترای تخصصی ژنتیک

آکادمی بیولوژی کرامتی

جلسات

جلسه 1: مقدمه و کلیات

دانلود فایل ها