دوره آموزش آنالیز داده های Single Cell ATAC-seq

معرفی دوره

در این دوره‌ی چهار جلسه‌ای، به صورت گام‌به‌گام و کاربردی با آنالیز داده‌های Single-Cell ATAC-seq آشنا می‌شوید و یاد می‌گیرید چگونه از فایل های اولیه تا تفسیر نهایی نتایج پیش بروید. در جلسه اول، ساختار داده‌های scATAC-seq را به‌صورت مفهومی و عملی بررسی می‌کنیم؛ با انواع فایل‌ها از جمله Count matrix، Fragment file، متادیتا و سایر خروجی‌های رایج آشنا می‌شوید و یاد می‌گیرید چگونه این فایل‌ها را بخوانید و برای آنالیز آماده کنید. در جلسه دوم، وارد محیط عملی آنالیز با پکیج‌های قدرتمند Signac و Seurat در R می‌شویم؛ نحوه خواندن داده‌های 10x Genomics، ساخت Chromatin Assay و انجام مراحل اولیه پردازش داده را به‌صورت عملی انجام می‌دهیم. جلسه سوم به کنترل کیفیت (Quality Control) اختصاص دارد؛ شاخص‌هایی مانند Nucleosome Signal و TSS Enrichment را بررسی می‌کنیم، سلول‌های باکیفیت را انتخاب می‌کنیم، ویژگی‌های متغیر (Variable Features) را شناسایی کرده و مراحل کاهش ابعاد (Dimensionality Reduction) و خوشه‌بندی (Clustering) را انجام می‌دهیم. در نهایت، در جلسه چهارم به سراغ آنالیز چنداُمیکس (Multi-omics) می‌رویم و نحوه ادغام و تحلیل همزمان داده‌های scATAC-seq و scRNA-seq را بررسی می‌کنیم تا بتوانیم نتایج را به‌درستی تفسیر کرده و ارتباط بین دسترسی کروماتینی و بیان ژن را تحلیل کنیم. این دوره با تمرکز بر اجرای عملی و درک مفهومی، شما را برای انجام پروژه‌های واقعی در حوزه اپی‌ژنومیکس تک‌سلولی آماده می‌کند.

مدرس دوره: احسان کرامتی – دکترای تخصصی ژنتیک

آکادمی بیولوژی کرامتی

جلسات

پیش نیاز: مقدمه ای بر ATAC-seq

جلسه 1: شناخت ساختار فایل‌ها و داده‌های scATAC-seq

جلسه 2: راه‌اندازی پروژه با Signac و آماده‌سازی داده‌ها

جلسه 3: کنترل کیفیت، خوشه‌بندی و کاهش ابعاد

جلسه 4: آنالیز چنداُمیکس (ترکیب scATAC و scRNA-seq)

دانلود فایل ها