دوره آموزش آنالیز داده های Bulk RNA-seq

معرفی دوره

در این دوره تخصصی، آنالیز داده‌های خام Bulk RNA-seq به صورت گام‌به‌گام و کاربردی آموزش داده می‌شود تا شرکت‌کنندگان بتوانند مسیر تبدیل فایل‌های خام توالی‌یابی (Fastq) به فایل نهایی شمارش ژن‌ها (Count) را در قالب یک پایپلاین عملی طی کنند. این دوره با جلسه مقدماتی و آشنایی با کلیات روند آنالیز آغاز می‌شود و در ادامه، با فرمت‌های فایل Fastq، تفاوت داده‌های Single-end و Paired-end، نحوه استفاده از پایگاه داده‌های SRA، و مبانی کار با سیستم‌عامل لینوکس و ماشین‌های مجازی آشنا خواهید شد تا زیرساخت‌های لازم برای شروع کار را به دست آورید.

در بخش‌های میانی دوره، مهارت‌های کلیدی برای مدیریت داده‌ها آموزش داده می‌شود؛ از نحوه دانلود فایل‌ها و کار با ابزار SRA Toolkit برای تبدیل آن‌ها به فرمت قابل استفاده، تا اجرای کنترل کیفیت (Quality Control) و پاک‌سازی توالی‌ها با نرم‌افزار Trimmomatic. همچنین با نحوه اتصال به سرورهای لینوکسی از طریق نرم‌افزاری مانند Putty آشنا می‌شوید که این امر بستر لازم برای اجرای تحلیل‌های سنگین‌تر را فراهم می‌کند.

در بخش نهایی پایپلاین، مراحل تخصصی بیوانفورماتیکی شامل هم‌ترازسازی (Alignment) خوانش‌ها روی ژنوم مرجع با استفاده از نرم‌افزار HISAT2، اجرای کامل این فرآیند بر روی داده‌های Single-end، کار با نرم‌افزار Samtools برای مدیریت فرمت‌های SAM و BAM و در نهایت استفاده از ابزار HTSeq-count برای رسیدن به فایل نهایی شمارش ژن‌ها به طور کامل تدریس می‌شود. این دوره با طراحی دقیق خود، شما را برای ورود به دنیای آنالیز داده‌های حجیم زیستی و اجرای یک پایپلاین استاندارد از صفر تا صد آماده می‌کند.

جلسات

جلسه 1: مقدمه

جلسه 2: فایل  FASTQ چیست؟

جلسه 3:تفاوت بین Single و Paired

جلسه 4: پایگاه داده SRA

جلسه 5: معرفی سیستم عامل لینوکس

جلسه 6: معرفی Virtual Box

جلسه 7: معرفی ابزار SRA Toolkit

جلسه 8: معرفی ابزار FASTQ

جلسه 9:معرفی ابزار Trimmomatic

جلسه 10:استفاده از سرئر لینوکس

جلسه 11:HISAT2

جلسه 12:Single End Sequencing

جلسه 13:Sam Tools

جلسه 14:HTseq-Count

دانلود فایل ها