پروب ها

پروب ها، قطعات تک رشته یا single strande DNA لیبل شده با عموما فلورسنت (یا رادیواکتیو یا آنزیم) می گویند که در اندازه kb10-10 هستند. پروب رشته مکمل قطعه DNA هدف ما می باشد و یک لیبل فلورسنت دارد و زمانی که با DNA مکمل خودش هیبرید شود با وجود لیبل تشخیص داده شده و میزان DNA  هدف در محیط اندازه گیری می شود و نکته بعدی این است که بر اساس نوع لیبل، detection  هم متفاوت می باشد. اگر لیبل رادیواکتیو باشد شناسایی بر اساس outo radiography انجام می شود، در ریل تایم معمولا تگ های فلورسنت استفاده می شوند به همین خاطر قابل شناسایی هستند.

 انواع پروب ها:

1. hydrolysis  از جمله  پروب TaqMan
2. molecular beacons
3. dual hybridization probes
4. Eclips probes دم عقربی

ویژگی های TaqMan:

1. پروب خطی یا linear است.
2. dual labeled fluorescent probe (DLFP) یا دو لیبله می باشد. 1 لیبل در سر 5 به نام فلوروفور یا رنگ فلورسنت و در 3 خاموش کننده یا Quencher وجود دارد.

اهمیت در فاصله منطقی که از هم دارند مشخص می شود.

نکته مهم در حین طراحی: فلوروفور باید با خاموش کنده متناسب باشد. و در طراحی TaqMan ار فلوروفورهای مختلفی میتوان استفاده کرد.

از معایب TaqMan:

گران بودن طراحی و سفارش برای هر ژن می باشد.

مزایای TaqMan:

به یک target  می چسبد و قطعه DNA هدف مشخص را شناسایی می کنند و میتوان در multiplex real time pcr از آن استفاده کرد و به دنبال دو ژن مختلف باشیم  به کمک 2 پروب.

برای مثال، فلوروفور سبز- آبی وقتی انتخاب شوند در 1 واکنش ژن های مختلفی را می توانیم detect کنیم.

بیشتر بخوانید:ROX در تکنیک qPCR چیست؟

جدول مقایسه ویژگی های دو رنگ سایبرگرین (غیر اختصاصی) و پروب  تگمن (اختصاصی) در تکنیک

 ریل تایم PCR